櫛孔扇貝的繁殖季節有兩個，一個是5-7月，水溫14 - 20℃；另一個是9- 10月，水溫22 -20℃ 。不同海區繁殖季節有較大的差異，山東南部沿海一般5月中旬進入繁殖盛期，如日照、青島、乳山、海陽等地；山東北部沿海，如榮成、芝罘、蓬萊等，5月下旬進入繁殖盛期；而長島海區要到6月上中旬才進入繁殖盛期 。除了水溫以外，生殖腺指數的變化，也是確定繁殖季節的一個重要依據，一般櫛孔扇貝生殖腺指數達到12% -15%時進入繁殖季節 。在繁殖季節中，櫛孔扇貝有多次排放的習性，一般間隔10 -15天可排放一次 。間隔的時間長短與海區的環境條件變化有關，如海區水溫的急劇變化、潮汐運動、海流與風浪的大小、鹽度的變化等 。【扇貝繁殖后的小扇貝 扇貝繁殖習性與規律知多少】
櫛孔扇貝生殖腺成熟的年齡多為1齡，生物學最小型為1.8cm 。櫛孔扇貝的產卵量較大，并且個體越大，產卵越多，殼高6-7cm的2齡貝其懷卵量800萬- 1000萬粒，-次產卵量200萬-300萬粒；殼高8- 9cm的3齡貝其懷卵量為1000萬- 1500萬粒，一次產卵量可達400萬- 600萬粒 。一個雄貝排出的精子數量是雌貝產卵量的幾百倍至幾千倍，一次排精量一般為幾十億至上百億 。
雄貝排精與雌貝排卵的狀態是不一樣的，雄貝排精時精子從貝殼的后端呈白色煙霧狀縷縷排出，能延續30 -45min,而雌貝產卵比較劇烈，張開的雙殼猛烈閉合，卵子隨著水流從貝殼的后方噴出，呈紅色，一個雌貝在30 -40min內能連續排放2-3次 。
櫛孔扇貝是雌雄異體的，幼貝（殼高1.8-4.2cm）的性比為雌：雄- 36.7:63.2，雄貝接近雌貝的2倍；成貝(殼高7-8cm)的性比是雌雄=47.8 53.3，接近相等，存在著性轉換現象 。
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