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肝癌是常見原因之一肝癌是常見的造成甲胎蛋白偏高的原因之一，一般正常人血清中甲胎蛋白的含量不到20 μg/L，但當肝細胞發生癌變時 ， 卻又恢復了產生這種蛋白質的功能 。據調查發現約有80%的肝癌患者血清中甲胎蛋白會升高 ， 通常以400 μg/L為標準，高于此數值應該考慮肝癌的可能性，一般在肝癌出現癥狀之前的8個月甲胎蛋白就已經升高 。
妊娠婦女和新生兒妊娠婦女和新生兒也會出現甲胎蛋白的一時性升高 。因為甲胎蛋白是胎兒的正常血漿蛋白成分 ， 是胚胎早期的主要蛋白質，妊娠期婦女甲胎蛋白是會明顯升高 。一般在妊娠后3個月，甲胎蛋白就明顯升高，到7-8月孕婦母血中AFP量達到最高峰并相對穩定，但其仍舊低于400 μg/L，約在產后3周后逐漸恢復正常水平 。
慢性肝炎恢復期等甲胎蛋白偏高可能與慢性肝炎、重癥肝炎恢復期、肝硬化、先天性膽管閉塞、畸形胎兒等有關，但是升高的幅度比較小，且持續的時間比較短 。
生殖細胞腫瘤【甲胎蛋白偏高的原因 甲胎蛋白偏高不一定是肝癌】據資料顯示大約50%患有生殖細胞腫瘤的病人其甲胎蛋白(AFP)呈陽性；一些其它腸胃管腫瘤如胰腺癌或肺癌及肝硬化等患者亦可出現不同程度的甲胎蛋白偏高；另外，若甲胎蛋白大于25 μg/L的男性患者還要考慮睪丸癌的可能 。
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