因為在這份加密文件中，尼克弗瑞發現自己身為神盾局局長，十級特工權限居然沒有權限，而加密這份文件權限的人，居然是尼克·弗瑞自己？！這才使得尼克·弗瑞察覺到了九頭蛇可能會對空天母艦有想法，于是在向神盾局前局長亞歷山大·皮爾斯提出推遲空天母艦計劃，但沒過多久就遭到了九頭蛇的追殺 。顯然，前局長亞歷山大·皮爾斯本身也是一名“九頭蛇” 。
隨后的劇情也正是按照這個路線繼續發展下去——九頭蛇利用前局長亞歷山大·皮爾斯的權限，大肆發布對美隊以及尼克·弗瑞等人的逮捕命令，而這其中尼克·弗瑞一度不得不借助假死來使得自己脫險 。而美隊和寡姐則是踏上了尋求真相之旅 。也正是在這之后，神盾局的空天母艦一度成為了九頭蛇來清除對自己有威脅的目標的武器，按照九頭蛇臥底的話來說，一次清除目標數量在幾百萬左右，涉及到了班納、奇異博士等人 。
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