公積金貸款與商業貸款的區別如下：
一、貸款利率不同 。對于申請者而言 ， 最關系的還屬貸款利率 。公積金的貸款利率比商業貸款利率低，五年以內公積金貸款利率為4.0%，五年以上是4.5% 。而商業貸款利率五年以上貸款利率為6.55，不同銀行所執行的貸款利率在這個基準利率之上有所浮動 。
二、貸款機構主體不同 。住房公積金貸款管理主體是住房公積金管理中心 ， 而商業住房貸款管理主體是各商業銀行 。
三、貸款的資金來源不同 。商業住房貸款資金來源是各商業銀行的自營資金（即吸收的居民或單位存款） ， 而住房公積金貸款資金來源是職工個人及所在單位繳存的住房公積金 。
法律依據：
《住房公積金管理條例》第二十六條
繳存住房公積金的職工，在購買、建造、翻建、大修自住住房時 ， 可以向住房公積金管理中心申請住房公積金貸款 。
住房公積金管理中心應當自受理申請之日起15日內作出準予貸款或者不準貸款的決定，并通知申請人；準予貸款的 ， 由受委托銀行辦理貸款手續 。
【公積金貸款與商業貸款區別 住房公積金貸款與商業貸款區別】住房公積金貸款的風險，由住房公積金管理中心承擔 。
