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燕窩中的主要營養成分是蛋白質。其中有1種必需氨基酸(賴氨酸) ， 3種條件性必需氨基酸，而人體需要的必需氨基酸有8種，條件性必需氨基酸有13種。
燕窩中的蛋白質含量較高，但與其品種關系緊密，試驗選用的馬來西亞金絲燕燕窩，其含量達50.26% 。燕窩中的氨基酸種類豐富，富含苯丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、酪氨酸和精氨酸等。燕窩中的水解氨基酸含量達42．272%，且必需氨基酸含量占氨基酸總量的42% 。唾液酸又稱燕窩酸，是燕窩主要的生物活性成分，在燕窩中主要以N一乙酰神經氨酸形式存在。據報道，一般燕窩的唾液酸含量可達7%以上，這也是初步鑒定真假燕窩的手段。