首先，財務工作人員要對房產的銷售收入進行清理并編制表格 。如果是全部都已銷售并開具發票的還好計算 ， 那計入土增清算的收入就是主營業務收入-房屋銷售收入 。如果只是部分已銷售并開具發票的 ， 那么就要清理那沒有開發票房屋，哪些是自用或出租的，這部分是不用繳土地增值稅的；除了自用或出租的房屋，還有一些未開具發票的房屋，有哪些是視同銷售的也要征繳土增稅，比如有可能是用來抵債了 。
【土地增值稅如何進行清算】清理完收入以后，就要對可以扣除的項目進行清理 。為了便于后期填制土地增值稅申報表，可以把扣除的項目按以下六大類來進行分類并編制表格：1、前期工程費2、建筑安裝工程費3、基礎設施建設費4、公共配套費5、開發間接費6、利息費用這六大類的成本費用 ， 都必須有發票才能進入扣除項目，如果沒有發票是不能進入扣除項目的 。有的房地產企業有多個項目，有些成本費用是共用的 ， 怎么分配呢？小編整理了下分配的方法 。
把收入和可扣除項目清理好后，就要開始找證據了，證明自己提供的數據真實可靠，比如收入類，如果有些是用來出租的，不用算入土地增值稅收入，那么就要提供出租合同和發票 。準備稅務局要求的各種資料，稅務局要求你進行土增清算時就會給你一套要提供的資料清單，按清單上準備資料就可以了 。
把數據和資料準備好以后，就可以進行填制土增清算的表了，一般稅務局要求4月30日以前提交申請表，紙制版和電子版 。5月1日-9月30日是稅務局審核和稽查的時間 。這個時間要看各地區稅務局的安排 ， 會有不同 。
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