根據《國家發展改革委員會、財政部、教育部關于加強研究生教育學費標準管理及有關問題的通知》(發改價格【2013】887 號) ， 自 2014 年秋季學期起 ， 高等學校向所有納入全國研究生招生計劃的新入學研究生收取學費 ， 南京大學校具體收費標準參照教育部及江蘇省研究生教育學費標準管理的相關規定執行 。
1、全日制學術型研究生
【南京大學研究生學費標準一覽圖 南京大學研究生學費標準一覽】按物價部門批準或備案標準收取 ， 其中中美文化研究中心國際關系專業 4 萬元/年(學制 2 年) ， 其他專業 8000 元/年 。
2、全日制專業學位研究生
按物價部門批準或備案標準收取 ， 其中金融碩士、法律碩士(非法學)、翻譯碩士、出版碩士、圖書情報碩士、文物與博物館碩士、口腔醫學碩士、臨床醫學碩士、護理碩士、城市規劃碩士、生物與醫藥(制藥工程)、材料與化工(化學工程、材料工程)、資源與環境(環境工程、地質工程)、電子信息(控制工程、光學工程、集成電路工程、電子與通信工程、微波與無線通信工程、計算機技術)、物流工程與管理、工業工程與管理等領域、建筑學碩士、教育碩士、國際商務碩士、法律碩士（法學）、社會工作碩士、漢語國際教育碩士、應用統計碩士等10000元/生·年；藝術碩士（MFA）-美術、電子信息（軟件工程）20000元/生·年；藝術碩士（MFA）-戲劇28000元/生·年 。
3、非全日制專業學位研究生
按物價部門批準或備案標準收取 ， 其中會計碩士90000元/生·年；審計碩士80000元/生·年；工商管理 EMBA254000元/生·年；工商管理 MBA13000元/生·年；藝術碩士-戲劇30000元/生·年；藝術碩士-美術20000元/生·年；公共管理碩士29000元/生·年；金融碩士50000元/生·年；工程管理碩士50000元/生·年；法律碩士(法學)、法律碩士(非法學)25000元/生·年；新聞與傳播碩士20000元/生·年；應用心理碩士35000元/生·年；圖書情報碩士20000元/生·年 。
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