誤區一：施用時溫度過低，在施用微生物活體農藥時不選擇高溫的條件施用 。誤區二：在干燥的天氣施用，這主要是因為環境濕度不足導致的 。誤區三：不避太陽光，在高溫、強太陽光的中午施用使得藥效下降 。誤區四：使用后被大雨沖刷，未根據天氣預報確定施用時間 。誤區五：與殺菌劑混用，活體真菌與殺蟲劑混用會失去殺蟲的作用 。
二、在干燥的天氣施用
晴天上午10點至下午4點前等高溫干燥的天氣條件下施用，農戶反映效果不佳，這主要是因為環境濕度不足導致的 。最好在陰天、雨后或早晨等濕度較大時施用 。
三、不避太陽光
沒有避開高溫、強太陽光的中午施用，導致藥效下降 。微生物活體農藥，最怕強烈的陽光照射 。太陽光中的紫外線對芽孢有致命的殺傷作用，且紫外線的放射線對伴孢晶體也有變形降效的作用，所以要在下午4點以后或者在陰天使用，效果會大幅度發揮 。
四、使用后被大雨沖刷
芽孢最害怕大雨沖刷，因為暴雨會將噴施的菌液沖刷掉 。如果噴施5~6小時后遇到小雨，不僅不會降低藥效，還會提高預防效果 。小雨有利于芽孢的發芽，害蟲吃了會加速死亡 。因此，應根據天氣預報確定施用時間 。
五、與殺菌劑混用
【微生物農藥使用的常見誤區，具體怎樣使用】如塊狀耳霉菌，作為一種真菌殺蟲劑，藥效是通過塊狀耳霉菌的活孢子作用實現的 。施用后活孢子侵染蚜蟲死亡，可持續傳染，群體大量死亡 。但是作為活體真菌，如果與殺蟲劑混合，它們被殺菌劑致死，自然失去殺蟲作用 。
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