當然了，滿清推行“剃發令”是既定政策，不能全賴在孫之獬一人身上 。即便沒有孫之獬的迎合之舉，滿清也會一如既往地將“剃發令”貫徹到底 。只不過孫之獬剛好迎合了滿清而已 。
順治三年，孫之獬因在招撫江西時玩忽職守，將朝廷官職私相授受，擅自為軍事將領加官 。這引起了清廷的猜忌和懷疑，于是他被貶職回到家鄉淄川 。
恰好在此時，高苑人謝遷率千余眾組成義軍，舉起大旗反清 。
順治五年7月，義軍攻到臨川城下 。淄川知縣劉修己病急亂投醫，抓住賦閑在家的孫之獬這根稻草，希望他能施以援手 。
沒想到，臨川城內的義軍細作乘人不備，里應外合，從城墻上垂下繩索，引導義軍士兵攀上城墻，進入城內，并打開了城門 。臨川城瞬間被義軍攻破了 。
孫之獬成了義軍的俘虜 。
謝遷勸說這位朝廷前高官投降，卻遭到了孫之獬的破口大罵 。義軍只好將他關入大牢，希望他能改變初衷 。但孫之獬仍然怒罵不止，而且一連絕食五天 。
被逼急的義軍想出了一個損招，將孫之獬的4個孫子綁來，逼迫他投降 。但孫之獬還是不為所動，寧死不降 。義軍又當著孫之獬的面，逐一砍下了他孫子的人頭，孫之獬依然高聲叫罵 。
氣瘋了的義軍，隨后用針線把他的嘴唇縫了起來，還是阻擋不了他發出低吼的嗚咽聲 。最后，義軍將他肢解了 。
當然，有一種傳說來自于談遷的《北游錄》 。說義軍對孫之獬的變節行為深惡痛絕，在將他殺死后，用錐子遍刺其身，并插上頭發，意為“我為汝種發”，以報復他上疏“剃發易服”的行為 。
不過，這種傳說不見于任何正史書籍 。
倒是孫之獬死后，清廷不但沒有為他發放一丁點撫恤，反而后來還將他編入了《貳臣傳》 。
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