“回想2003年沒(méi)有mNGS技術(shù)的時(shí)候， 我們認(rèn)識(shí)SARS冠狀病毒需要5—6個(gè)月， 而現(xiàn)在認(rèn)知新冠病毒， 國(guó)內(nèi)科學(xué)家只用了很短時(shí)間 。 ”5月8日， 復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院感染科主任張文宏教授在第三屆感染性疾病精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)高峰論壇上表示， 認(rèn)知新發(fā)病原體， 新技術(shù)起到了重要的作用 。
【宏基因組測(cè)序技術(shù)：用對(duì)才能用好】“在國(guó)家傳染病防治重大科技專(zhuān)項(xiàng)支持的平臺(tái)基礎(chǔ)上， 基于二代測(cè)序的mNGS技術(shù)， 中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院團(tuán)隊(duì)用了約50個(gè)小時(shí)就從不明原因肺炎樣本中獲得了新冠病毒全基因組序列， 與其他兄弟單位共同確認(rèn)新冠病毒是導(dǎo)致疫情的病原 。 ”中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院副院校長(zhǎng)王健偉教授表示， 新技術(shù)找到了新冠病毒， 新冠疫情也促進(jìn)了新技術(shù)的應(yīng)用發(fā)展， 未來(lái)應(yīng)推進(jìn)新技術(shù)在精準(zhǔn)診斷、遏制耐藥、防控新發(fā)病原等方面持續(xù)發(fā)力 。
mNGS究竟是啥？
如何讓識(shí)別新發(fā)病原體的速度好比坐上了飛機(jī)？
普通人用上它了嗎？
它讓感染治療從“炮轟”到“狙擊”
“在沒(méi)有新技術(shù)之前， 如果遇到嚴(yán)重的感染中毒癥， 往往是各種抗感染的藥物一起上 。 ”張文宏說(shuō)， 因?yàn)閭鹘y(tǒng)技術(shù)時(shí)常給不出明確的感染病原信息 。
“炮轟”式的操作難有針對(duì)性， 難以有效壓住感染， 反而容易導(dǎo)致細(xì)菌的耐藥性 。
“炮轟”不行， 能不能“狙擊”？
2014年6月， 《新英格蘭雜志》上的論文記載了一場(chǎng)成功的“狙擊”——
一例不明原因的腦膜炎， 用盡各種治療手段未果， 但在使用mNGS后， 明確了病原體為致病性鉤端螺旋體， 改用幾毛錢(qián)成本的青霉素治療， 患者獲救 。
這一戰(zhàn)名聲大噪 。 mNGS就是宏基因組測(cè)序技術(shù)， 通過(guò)全面分析患者樣本中微生物和遺傳物質(zhì)（包括DNA和RNA）， 識(shí)別“壞分子”， 實(shí)現(xiàn)感染性疾病的精準(zhǔn)治療 。
“它無(wú)需事先了解預(yù)期的病原體， 能夠同時(shí)檢測(cè)大量的微生物 。 ”張文宏總結(jié)， mNGS擁有辨新、海量篩查病原體等多項(xiàng)優(yōu)勢(shì) 。
它的正確解讀仍需“立規(guī)矩”
“這個(gè)方法很靈敏， 就更需要警惕會(huì)不會(huì)搞錯(cuò) 。 ”王健偉指出， 因?yàn)榉椒ㄗ銐蜢`敏， 很細(xì)小的過(guò)程偏差也會(huì)反映到輸出的結(jié)果上， 例如環(huán)境污染、生物信息分析偏差甚至軟件算法等造成的差異， 也會(huì)導(dǎo)致對(duì)單個(gè)堿基的解讀完全不同 。
如何正確解讀宏基因組測(cè)序所給出的證據(jù)， 以指導(dǎo)臨床實(shí)踐， 成為實(shí)現(xiàn)感染性疾病精準(zhǔn)診斷的重點(diǎn)之一 。
“解讀包括mNGS的臨床規(guī)范、報(bào)告的理解等多個(gè)階段的問(wèn)題 。 ”國(guó)家衛(wèi)生健康委全國(guó)真菌病監(jiān)測(cè)網(wǎng)國(guó)家中心主任、中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)院檢驗(yàn)科主任徐英春表示， 規(guī)范的建立是為了把mNGS技術(shù)在臨床上用好 。
據(jù)介紹， 國(guó)家衛(wèi)生健康委臨床檢驗(yàn)中心今年開(kāi)展了首次mNGS技術(shù)室間質(zhì)評(píng)， 全國(guó)包括第三方實(shí)驗(yàn)室在內(nèi)的約90家實(shí)驗(yàn)室參與， 在面對(duì)復(fù)雜的鑒別考卷時(shí)， 只有5家實(shí)驗(yàn)室獲得滿(mǎn)分 。
“從臨床規(guī)范來(lái)講， mNGS行業(yè)仍需要通過(guò)相關(guān)部門(mén)的引導(dǎo)來(lái)推進(jìn)標(biāo)準(zhǔn)化和質(zhì)量可控性， 這一點(diǎn)對(duì)于臨床非常重要 。 ”在室間質(zhì)評(píng)中獲得滿(mǎn)分的微遠(yuǎn)基因的創(chuàng)始人、首席執(zhí)行官李永軍表示， 后續(xù)將通過(guò)技術(shù)創(chuàng)新實(shí)現(xiàn)醫(yī)院實(shí)驗(yàn)室內(nèi)mNGS設(shè)備的自動(dòng)化， 以增加檢測(cè)效能， 并滿(mǎn)足標(biāo)準(zhǔn)化等要求 。
它現(xiàn)在普及了嗎?
10年前， 一個(gè)宏基因組檢測(cè)的成本約為十幾萬(wàn)元左右， 而今已經(jīng)下降到數(shù)千元級(jí)別 。 隨著成本大幅下降， 宏基因組測(cè)序已逐步應(yīng)用于重癥患者的病原學(xué)診斷中 。
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