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首先：物流行業(yè)所涉及的稅種及稅率有以下：
一：增值稅
1、陸路（含鐵路）運(yùn)輸、水路運(yùn)輸、航空運(yùn)輸和管道運(yùn)輸服務(wù) ：
一般納稅人：10%，
小規(guī)模納稅人：3% 。
2、倉(cāng)儲(chǔ)、配送及貨運(yùn)代理等物流輔助服務(wù) ：
一般納稅人：6%
小規(guī)模納稅人：3%
二、城建稅：
1、市區(qū)7% ；
2、縣、鎮(zhèn)5%；
3、其他：1%
三、教育費(fèi)附加、地方教育費(fèi)附加：
教育費(fèi)附加：3%、
地方教育費(fèi)附加：2%
四、所得稅：
1、基本稅率25%
2、符合條件的小型微利企業(yè) 。（年應(yīng)稅收入30萬以下）減按20%
3、國(guó)家重點(diǎn)扶持的高新技術(shù)企業(yè) 。減按15%
4、符合條件的小型微利企業(yè) 。（年應(yīng)稅收入10萬以下）20%減半
五、印花稅
貨物運(yùn)輸合同按運(yùn)輸金額的萬分之五貼花；
租賃合同按千分之一貼花；帳本按5元/本繳納（每年啟用時(shí)）
六、城鎮(zhèn)土地使用稅
按實(shí)際占用的土地面積繳納（各地規(guī)定不一）
七、房產(chǎn)稅
按自有房產(chǎn)原值的70%*1.2%繳納
八、車船稅按車輛繳納（各地規(guī)定不一，不同車型稅額不同）
物流運(yùn)輸業(yè)的稅務(wù)風(fēng)險(xiǎn)有以下幾點(diǎn)
1：混淆收入類別
將“交通運(yùn)輸業(yè)務(wù)”申報(bào)為”物流輔助服務(wù)業(yè)務(wù)“少納增值稅，造成稅負(fù)偏低
2：發(fā)票開錯(cuò)
物流企業(yè)的客戶多是零星貨物運(yùn)輸，金額不大，大部份客戶不會(huì)較真，以為零星貨物運(yùn)輸就是物流輔助服務(wù)
3：銷售收入核算不準(zhǔn)確
物流運(yùn)輸?shù)臅?huì)計(jì)核算需要將：將簡(jiǎn)易計(jì)稅項(xiàng)目與一般計(jì)稅項(xiàng)目分開核算，
分別核算的可根據(jù)實(shí)際情況選擇相對(duì)適應(yīng)的稅率或征收率
未分別核算的哪項(xiàng)稅率高選哪個(gè)稅率
不過，大部份物流企業(yè)未分別核算不同業(yè)務(wù)，而是將收取的包括快遞費(fèi)、運(yùn)費(fèi)在內(nèi)全部或大部分，作為收派服務(wù)申報(bào)納稅。
4：隱瞞銷售服務(wù)
快遞費(fèi)是由：收件費(fèi)、運(yùn)輸費(fèi)和送件費(fèi)組成
快遞費(fèi)則是：一次性收取，需要快遞總公司與加盟商結(jié)算收派費(fèi)用。
加盟商納稅人是一般納稅人，但其采用簡(jiǎn)易計(jì)稅辦法計(jì)稅的話，就會(huì)導(dǎo)致部分快遞企業(yè)難以獲得增值稅發(fā)票抵扣，造成，一部份物流公司干脆采取隱瞞銷售服務(wù)，與加盟商結(jié)算時(shí)實(shí)行賬外結(jié)算。
5：進(jìn)項(xiàng)稅額核算不完善
物流企業(yè)未將進(jìn)項(xiàng)稅額合理劃分，存在多抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額的風(fēng)險(xiǎn) 。
物流運(yùn)輸業(yè)的稅務(wù)問題，因物流運(yùn)輸業(yè)的行業(yè)特點(diǎn)，決定了其涉稅的重點(diǎn)和難點(diǎn)主要還是集中于一般納稅人增值稅申報(bào)繳納！

一、成本構(gòu)成決定進(jìn)項(xiàng)稅額
1、油耗

物流運(yùn)輸企業(yè)成本很大一部分是油耗 ?，F(xiàn)實(shí)工作中，司機(jī)加油的習(xí)慣和計(jì)劃性，決定了企業(yè)能否及時(shí)合理取得增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額。中小企業(yè)內(nèi)部管理要求更顯突出！
財(cái)務(wù)人員對(duì)合理取得增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額負(fù)有管理監(jiān)督的義務(wù)，但實(shí)際工作中，履行職責(zé)的有效性和力度，需要靠企業(yè)的考核管理職能發(fā)揮積極有效的作用！
油料供應(yīng)商的甄別和選擇，是合理取得增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額的有效保證！
2、人力人本

人力成本作為物流運(yùn)輸企業(yè)成本的重要組成部分，不可能取得增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額！這樣的現(xiàn)實(shí)情況，是物流運(yùn)輸企業(yè)增值稅納稅義務(wù)的難點(diǎn)！目前沒有有效的辦法克服！
3、固定資產(chǎn)折舊
物流運(yùn)輸企業(yè)固定資產(chǎn)以車輛為主，稅改以后，車輛購(gòu)置的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額，反映在固定資產(chǎn)取得的當(dāng)期，造成的假象是物流運(yùn)輸企業(yè)進(jìn)項(xiàng)稅額嚴(yán)重不足。這樣的假象必然造成企業(yè)納稅規(guī)劃的行為極端，甚至又走入買賣發(fā)票的違法誤區(qū)！中小企業(yè)不可不查！