核酸序列分析：生物信息學應用中的一個重要方面 ?；谝延兄R所形成的核酸序列數據庫以及在此基礎上所形成的二級數據庫，對未知核酸序列的分析及功能預測具有重要的參考價值 。蛋白質序列分析：蛋白質序列的基本性質分析是蛋白質序列分析的基本方面，一般包括蛋白質的氨基酸組成、分子質量、等電點、親水性和疏水性、信號肽、跨膜區及結構功能域的分析等，蛋白質的很多功能可直接由分析其序列而獲得 ?；蜃R別：非編碼區分析研究 ， 基因識別的基本問題是給定基因組序列后，正確識別基因的范圍和在基因組序列中的精確位置 。非編碼區由內含子組成，一般在形成蛋白質后被丟棄，從實驗中，如果去除非編碼區，不能完成基因的復制 。分子進化和比較基因組學：分子進化是利用不同物種中同一基因序列的異同來研究生物的進化，構建進化樹 。序列重疊群裝配：根據現行的測序技術,每次反應只能測出500個或更多一些堿基對的序列 。
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