2代里，玩家可以選擇英美蘇德四個國家，而德國又分為東西兩個陣營，總共5個陣營 。這五個陣營在機制和單位上都有本質的區別，但是這還不是全部。游戲中，能夠決定一場戰斗打法的就是指揮官 。玩家在游戲開始要選擇3名備選指揮官，每個陣營可以選擇的指揮官是不同的，而到了游戲中，你可以根據不同的局勢來選擇讓3名指揮官的其中一人上場 。
指揮官選定過后不能更改，而每名指揮官都擁有獨特的技能 。這些技能可能是科技、武器、單位、技能、被動，這些東西都是靠建筑造不出來的，而是需要通過讓指揮官升級來解鎖技能，并通過技能來使用技能或是招募單位 。也就是說，當玩家選擇了不同的指揮官時，哪怕是同一陣營的玩家，也會拿出不同的兵種、不同的武器和打法風格來與敵人作戰 。
一般對新手來說，選擇一個指揮官慢慢熟悉機制，用好它就需要花很長時間了，而了解其他指揮官，知道他們擅長的打法并知道他們之間的克制關系，則又是在技巧上更進一步 。以上就是《英雄連》相較于其他比較主流的RTS非常具有特色的點了，這款游戲實際游玩過程中戰斗會比《星際》、《魔獸》等更加激烈，制作組的設計理念也在很大程度上鼓勵玩家互相交火、互相入侵，而且兵種克制關系非常嚴格 。
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