蛋白質分離器的作用就是分解食物殘渣以及魚類糞便所產生的有機物 。 在魚缸中生物的排泄物以及食物殘渣會被腐生細菌分解為氨 。 氨對于魚缸中的生物是有害的， 而氨的存在對于海水魚缸中的珊瑚以及魚兒的危害更甚 。
【海水缸為什么要蛋白分離器】蛋白質分離器主要是利用了機器底部抽水的同時抽入空氣所產生的泡沫， 以其表面張力來吸附水中的可溶性有機物以及雜質所產生的蛋白質， 通過氣泡頂入蛋分的污水收納盒 。 （一般會變為黃色液體， 定期清理掉就是）以這種效果來凈化水質 。 其意義就是：減少了蛋白質在海水魚缸中的含量， 進而控制氨的量 。 還有一個作用就是由于蛋分機器底部的水泵的沖擊， 也會增加水中溶氧量， 這會使得過濾槽硝化細菌繁殖更加有利 。 事實上蛋白質分離器也最多只能除去魚缸百分之五十作用的蛋白質以及其它雜質， 還是有一部分需要魚缸本身過濾系統產生的硝化菌來凈化 。
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