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ncbi是什么數(shù)據(jù)庫(kù),mega軟件是以什么數(shù)據(jù)庫(kù)為基礎(chǔ)的

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【ncbi是什么數(shù)據(jù)庫(kù),mega軟件是以什么數(shù)據(jù)庫(kù)為基礎(chǔ)的】NCBI是National Center for Biotechnology Information的縮寫,指美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心 , 建立于1988年 。NCBI的初衷是為了給分子生物學(xué)家提供一個(gè)信息儲(chǔ)存和處理的系統(tǒng) , 除了建有GenBank核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)(該數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)資源來(lái)自全球幾大DNA數(shù)據(jù)庫(kù),其中包括日本DNA數(shù)據(jù)庫(kù)DDBJ、歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室數(shù)據(jù)庫(kù)EMBL以及其它幾個(gè)知名科研機(jī)構(gòu))之外,NCBI還可以提供眾多功能強(qiáng)大的數(shù)據(jù)檢索與分析工具 。
mega軟件是以什么數(shù)據(jù)庫(kù)為基礎(chǔ)的mega軟件是以生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)(NCBI、EMBL以及DDBJ等)為基礎(chǔ)的 。
助:怎么從基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中找出某基因家族如果你知道你要找的基因的名字應(yīng)該是可以很快的找到你要的序列,那你只能通過(guò)做比對(duì)來(lái)判斷了一般提交NCBI上的基因組都有預(yù)測(cè)CDS的,所以上面都有標(biāo)出每個(gè)CDS的可能功能及相應(yīng)蛋白或酶的名字 。如果沒(méi)有 。可以用BIOEDIT比對(duì)試試
credit reference是什么意思Reference Seq 其實(shí)是NCBI下的一個(gè)算作子庫(kù)一樣的數(shù)據(jù)庫(kù),包括基因組DNA , 轉(zhuǎn)錄組,蛋白組數(shù)據(jù),說(shuō)白了是經(jīng)過(guò)人工校驗(yàn)過(guò)的數(shù)據(jù)庫(kù) , 一般比較真實(shí)可靠且不冗余,你可能也發(fā)現(xiàn)了在NCBI中一個(gè)基因會(huì)有多個(gè)版本 , 但是經(jīng)過(guò)校正進(jìn)入RefSeq的一個(gè)基因一般只有一個(gè)序列 當(dāng)然轉(zhuǎn)錄本一般不止一條 , 要是查詢比對(duì)什么的用這個(gè)庫(kù)比較靠譜,詳見生物信息的書吧
unigene是什么意思一種生物信息學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù) 。
人類基因組計(jì)劃的首要任務(wù)是對(duì)人類基因組進(jìn)行全序列測(cè)定,整個(gè)基因組估計(jì)有30億個(gè)堿基對(duì),其中大約3%可以編碼蛋白質(zhì),其余部分的生物學(xué)功能還不清楚 。轉(zhuǎn)錄圖譜可以把基因組中能夠編碼蛋白質(zhì)的部分集中起來(lái),因此是一種重要的數(shù)據(jù)資源 。UniGene試圖通過(guò)計(jì)算機(jī)程序?qū)eneBank中的序列數(shù)據(jù)進(jìn)行適當(dāng)處理,剔除冗余部分 , 將同一基因的序列,包括EST序列片段搜集到一起,以便研究基因的轉(zhuǎn)錄圖譜 。UniGene除了包括人的基因外,也包括小鼠、大鼠等其它模式生物的基因,HGI數(shù)據(jù)庫(kù)只包括人的基因 。該數(shù)據(jù)庫(kù)的標(biāo)題行(TITLE)給出基因的名稱和簡(jiǎn)單說(shuō)明,表達(dá)部位行(EXPRESS)指出該基因在什么組織中表達(dá)以及在基因圖譜中的位置等 。此外 , 列出該基因在核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)GenBank或EMBL和蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫(kù)SWISS-PROT中的編號(hào)的超文本鏈接 。UniGene中部分條目包括已知基因序列,而有些條目則僅有新測(cè)得的EST序列片段 。這就意味著,這些EST序列所對(duì)應(yīng)的基因尚未搞清,可以用來(lái)發(fā)現(xiàn)新基因 。在描繪基因圖譜及大規(guī)模基因表達(dá)分析等研究中,UniGene也可以幫助實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)者選擇試劑 。UniGene可以通過(guò)NCBI或SRS系統(tǒng)訪問(wèn) 。

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