如果是低溫干燥環境保存，棉花種子的保存時間長達10年以上 。如果是高溫、高濕環境保存，棉花種子在存放數個月過后，就有可能失去活力 。
一、棉花種子保存時間
1、如果是在低溫干燥條件下，棉花種子的保存時間可達10年以上 。如果存放種子處的空氣濕度以及溫度較高，則棉花種子容易變質，在存放數個月過后，就會失去活力 。【棉花種子能保存多長時間 棉花種子能保存多長時間能發芽】
2、棉花種子屬于長壽命種子，因為飽滿成熟棉花種子的種皮結構致密而堅硬，外表有一層蠟質，可以減小外界氣溫、濕度所帶來的不利影響，除此之外，棉花種子的種皮內含有7.6%鞣酸物質，具備一定的抗菌作用 。
二、影響棉花種子保存時間的因素
1、種子水分含量：棉花種子中所含水分越多，則種子呼吸作用越強 ， 貯藏物質分解速度越快，種子活力也就喪失的越快 。因此保存棉花種子時需要嚴格把控種子水分含量，如果是北方地區，種子水分含量不得超過12%；如果是南方地區，種子水分含量不得超過11%；如果是長期貯存，種子水分含量不得超過10% 。
2、溫度：在低溫環境下，種子細胞內的代謝活動水平極其低下，營養物質以及能量消耗較少，細胞衰老進程緩慢 。因此保存棉花種子時，需要將種子溫度控制在15℃以下 。
3、濕度：隨著空氣濕度的增加，種子含水量也相應增加，同時種子內的水解酶以及呼吸酶的活性更加旺盛 ， 導致種子更加容易喪失活力 。因此在保存棉花種子時，需要調控好倉庫內的濕度，當外界溫度、濕度均低于倉庫內部時，通風降溫、散濕；當外界溫度和倉庫內部溫度保持一致，而倉庫內部濕度高于外界濕度時，通風降濕 。
4、種子質量：一般選擇飽滿成熟的霜前棉花種子入庫貯存 。
