石菖蒲和水菖蒲的區別主要有三個 。前者為深綠色，線形，長20-50厘米 。后者顏色稍淺，綠色，劍狀線形，較長，90至150厘米 。前者為白色，后者為黃綠色 。前者為圓形圓柱形，灰褐色或褐色 。后者較厚，顏色較淺 。
葉片差異
【水菖蒲與石菖蒲作用功效有何區別 石菖蒲和水菖蒲的區別都有哪些】
石菖蒲葉色深綠色，線形，長約20-50厘米，基部折成兩半 ， 中間平展 。
水菖蒲顏色稍淺 ， 綠色，劍狀線形，較長，約90~150厘米 。
花朵差異
石菖蒲為三棱花序，長約4-15厘米，肉圓錐花序為圓柱狀，上部直立或稍彎曲，尖銳 ， 花色為白色 。
水菖蒲花序稍平，肉圓錐花序近直立或斜向上 ， 在狹窄的圓柱體中，花的顏色為黃綠色 。
根莖差異
石菖蒲根部呈扁柱狀，長約3~20厘米，直徑0.3~1厘米，表面顏色較深，灰褐色或棕褐色 。
水菖蒲根比前者粗，直徑約1-1.5厘米，分枝少，顏色較淺，白色較淺 。
