1260年 ， 蒙哥汗在四川合川攻城中 ， 中流矢身亡 。
消息傳來 ， 當時忽必烈正統帥三路大軍圍攻鄂州(武昌) ， 宋丞相賈似道屯兵漢陽 ， 重慶之宋軍也南下援鄂 。奉命從云南北上的兀良哈臺將軍的部隊 ， 也在潭州(今長沙)受阻 ， 忽必烈不得不分兵解圍才與之會合 。
這時候 ， 忽必烈的妻子察必從漠北捎來信息 ， 留守帝國首都哈喇和林的忽必烈幼弟大有奪取汗位之勢 。情勢緊迫 ， 斷不可猶豫再三 。忽必烈在軍前召集幕僚商議 。郝經建議“斷然班師 ， 銷禍于未然“ ， 廉希憲也建議“愿速還京 ， 正大位以安天下“ ， 正在此時 ， 賈似道恰好遣使約和 ， 于是雙方商定 ， 以長江為結 ， 宋向蒙古每年納銀二十萬兩 ， 絹二十萬匹 。
忽必烈輕車簡從到達燕京(今北京) ， 駐其近郊 。而這時候 ， 阿里布哥已派脫里赤在燕京召集軍隊包抄忽必烈 。忽必烈遣散了脫里赤的軍隊 ， 同時秘令自己的軍隊火速北返 。這時候 ， 阿里布哥派信使召集忽必烈參加漠北和林的忽里勒臺會議 ， 選舉新汗 。忽必烈未予理睬 ， 并命廉希憲到開平(后稱上都 ， 今內蒙古正藍旗) ， 觀察事態發展 。又命塔察爾赴宗王塔察爾處 ， 勸其支持忽必烈為汗 ， 得到塔察爾的贊同 。
忽必烈返回開平 ， 召集部分宗王開會 ， 在他們支持下 ， 忽必烈登上大汗位 。按照成吉思汗定下的扎撒規定 ， 蒙古選汗必須在鄂嫰河之地召開選汗大會 ， 而且必須有各系宗王參加 ， 忽必烈自行選汗 ， 顯然有違傳統 。在哈喇和林的選汗大會上 ， 阿里布哥得到術赤系察哈臺系窩闊臺系大多數蒙古宗王的支持 ， 即大汗位 。
忽必烈另一個弟弟旭烈兀 ， 正領軍發動第三次西征 。旭烈兀當時已攻克巴格達 ， 敘利亞蘇丹納昔爾派其子向旭烈兀表示臣服 ， 旭烈兀將使者遣回 ， 要求納希爾投降 。蒙古大軍繼續西進 。旭烈兀兵分三路 ， 進軍敘利亞 ， 先后攻占美索不達米亞北部諸城 ， 渡過幼發拉底河 。旭烈兀架炮攻城 ， 納昔爾逃奔埃及 ， 蒙古軍隊占領大馬士革 。這時候 ， 傳來蒙哥汗死訊 。旭烈兀于是班師 ， 回到波斯 。回到波斯后 ， 旭烈兀得知忽必烈已經在開平即大汗位 ， 并且和阿里布哥發生了汗位之爭 。旭烈兀與忽必烈關系向來不錯 ， 于是決定不在赴和林 ， 而留在波斯 。
這樣 ， 由于汗位之爭 ， 蒙古帝國正式分裂 。其中支持阿里布哥的術赤系別兒哥 ， 封地為從額爾齊斯河到第聶博河(烏克蘭)的廣大地區 ， 統治中心在伏爾加河的薩萊(阿斯特拉罕附近) 。支持阿里布哥的窩闊臺系海都 ， 封地為準噶爾盆地北部 ， 包括今塔城、阿勒泰地區和蒙古的西部 。察哈臺系汗位虛懸(后為阿里布哥派出的阿魯忽) ， 封地為東至伊犁河流域 ， 西至阿姆河流域的土地 。由于察哈臺系和窩闊臺系曾反對蒙哥即位 ， 所以阿姆河和錫爾河之間的河中地區被劃給了支持蒙哥汗的術赤系 。高昌(維吾爾)由于亦都護歸屬成吉思汗較早 ， 保留了自己的領地 ， 不屬于任何宗王的封地 ， 歸蒙古大汗直轄 。阿姆河以西 ， 直到地中海 ， 包括波斯伊拉克敘利亞小亞細亞 ， 歸拖雷系旭烈兀統轄 ， 統治中心在波斯的大不里士 。
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