海貍鼠配種主要采取放對自由交配 。根據每次放對的數量，其方式有一對一配種、一公多母合群配種和多公多母群養配種三種方式 。
1．一公一母放對配種
即將發情的母鼠捉移到選配好的種公鼠圈內．1對l任其自由交配 。交配完后，應將母鼠捉回原舍，待次日再放對，如此反復放2-3次 。待公鼠休息1-2小時后，再放第2只母鼠進去自由交配，完后仍送回原舍 。再休息1-2小時，放第3只、第4只 。公鼠一天交配4次左右，身體強壯、性欲旺盛的也不超過5次，體質較差的可安排3次 。一般公、母配種比例為1:4 。在放對過程中，如發現有的母鼠未發情或發情期已過，應放回原舍飼養20多天后待下一發情期再放對交配 。此方式的優點是譜系清楚，可達到選配目的，但比較麻煩費事，也易漏配，適宜育種場采用 。
2一公多母合養配種
根據選配方案將4-5只母鼠同1只公鼠合養在同一圈舍內，任其自由交配 。每月定期檢查受孕情況，發現已受孕母鼠，立即從大群中移出單獨飼養 。未受孕者繼續留在大群中，與公鼠不斷交配直到受孕為止 。產仔后的母鼠，應及時將其放回大群中，讓與公鼠進行血配，配完后再移回仔窩舍哺乳 。生產實踐表明，此方式繁殖效果較好，不僅可降低母鼠的空懷率，還可充分利用圈舍，同時，譜系也不亂，仍可建立清晰的譜系檔案 。須注意的是，選配的公鼠一定要體質健壯、性欲旺盛、精液優良的種鼠 。否則，對繁殖生產將造成損失 。
3．多公多母群養配種
將34只種公鼠與15-20只母鼠合養在同一圈舍內，讓其自由選擇交配 。每隔15天檢查1次母鼠受孕情況，凡確已受孕的則移出單養，待產仔后及時送回去進行血配 。此法其優點是：可節省設施設備，提高受配率，減少空懷率 。但缺點也比較突出，主要是仔代譜系不清，無法弄清其血緣關系 。同時由于公鼠頻頻交配，影響精液質量和健康，如有疾病，還會彼此傳染 。此法只適宜商品鼠養殖場，專門種鼠場不宜采用 。
4人工輔助配種
【海貍鼠配種操作步驟 海貍鼠養殖方法】有個別母鼠發情期不接受交配，應采取人工輔助配種，以免錯過發情期 。具體作法是，將母鼠移入公鼠運動場中，用左手托其腹部，并稍向上托起，再用右手將尾拉向一側，將外陰露出送至公鼠鼻前，讓其嗅聞，刺激公鼠性欲，促成交配 。
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