5 d起，隨著菌絲生長，袋內溫度上升，比室溫高出2 ℃左右，為此應將室溫調至24 ℃以下 。16 d之后菌絲逐步進入新陳代謝旺盛期，應控制在20～23 ℃為適 。
二是濕度控制方面，在發菌期，菌絲是依靠基內水分生長，不需要外界供水，因此室內空氣相對濕度在60%左右即可 。濕度大時，應開窗通風 。因濕度太大，會導致雜菌滋生 。
三是光線控制方面，發菌期菌棚應盡量黑暗，以避免早出菌現象 。
五、出菌管理菌袋經過逾20 d發菌培養，此時觀察到菌袋料面出現黃豆大菌蕾時，把菌袋擺放到出菇棚內開始進入出菌期管理，此時應從如下方面加強管理：
一是菌袋開口 。將原來封口的棉塞蓋去掉，以增加通氣量，促進原基生長 。
【怎樣種植猴頭菇 怎樣種植猴頭菇視頻】二是調整溫度 。菌袋開口后，溫度要調至14～20 ℃ 。
三是增加菌棚濕度 。當菌袋開口后，需要向菌棚空間、地面噴水，使菌棚相對濕度達到85%～90%，保持菌袋料面濕潤，保證原基形成，子實體正常生長發育 。
四是適當加強通風管理 。當菌袋開口后，注意適當加強菌棚通風換氣，保持菇棚空氣新鮮 。應先噴水后通風，保證菌棚內空氣的相對濕度在85%～90% 。
五是保持一定散射光照 。猴頭菇子實體生長發育過程中，需要200～400 lx光照 。
六、畸形猴頭菇防治畸形猴頭菇，影響其商品價值，必須盡力防治 。常見的畸形類型有珊瑚叢集型、光禿型和色澤異常型等 。主要是在栽培過程中，由于管理不當所致 。若生長中濕度大，通氣差，二氧化碳濃度超過0.1%時，就會刺激子實體基部產生分枝，形成珊瑚狀，致使不能形成球狀子實體；若溫度高于25 ℃以上，加上空氣濕度低，會出現不長刺的光禿子實體；若溫度低于14 ℃時，子實體即開始變紅，并隨溫度下降而加深 。
防治方法：當出現珊瑚狀子實體時，應加強通風透氣，促進子實體健壯生長 。產生光禿型子實體時，要加強水分管理，向空間噴霧狀水或地面灑水，以降溫補水 。當子實體出現紅色時，加強溫度管理 。此外，若因菌種傳代次數較多，種性退化而產生畸形猴頭菇時，應提純復壯，培育優良菌種 。若因感染雜菌造成子實體變黃，則應及時連同培養基一并挖除 。
七、采收與再培養猴頭菇一般從原基形成到采收需10～15 d 。子實體成熟的標志為：菇體色白，表面出現菌刺，菌刺長至1 cm左右，尚無大量孢子彈射即可采收 。
猴頭采收后，清理菌袋菇根和老菌皮，停水5~7 d，扎緊袋口，繼續培養10 d左右即可形成第2批菇 。一般管理好可采收2~3批菇，生物轉化率達90%~115% 。
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