在提供蒲燒鰻魚時，有的料理店用的是市場上采購的半成品，客人點單后簡單加熱下即可 。但較為地道的是現殺現烤的鰻魚料理專門店，在這些料理店，料理鰻魚大致有殺鰻、串鰻、烤鰻等三個步驟：
殺鰻
東京鰻魚料理店“野田巖”第五代店主，日本厚生省“現代名匠”獲得者金本兼次郎說“兩分鐘殺三條鰻魚，那是作為鰻魚師傅的基本技能” 。
簡單說來，首先用尖刀找準鰻魚身上特定的一點將其固定在菜板上（只有穿過這一點才可以既不讓鰻魚痛苦致死，又不至于太過在菜板上活蹦亂跳），再用另一把刀迅速把鰻魚分解為上中下三層 。
夏季鰻魚季高峰時，鰻魚店的廚師一人處理上百乃是數百條鰻魚并不稀奇，且殺鰻時是否將魚里的黏液、內臟等處理得當，將決定鰻魚最后的口感 。
串鰻
接下來是串鰻魚肉，用竹簽或鐵簽穿在皮肉之間的脂肪中，如果扎破皮肉，則簽的溫度會使肉質過熟 。簽的間隔決定了翻轉受熱的效果，孔的疏密則決定賣相，進而影響魚肉在口中的味道 。
燒鰻
根據每條魚肉的特性調整炭火的擺法和燒烤火候及醬料用法，能否烤制得當，此時完全依賴于師傅的手感和經驗 。料理鰻魚的每個環節都如此地講究手藝，在日本，人們對掌握現殺現烤鰻魚技能便有了“殺鰻三年、串鰻八年、烤鰻一生”的評價，優秀的鰻魚師傅在廚藝界會有很高的聲望 。
燒鰻魚有白燒和蒲燒之分 。蒲燒鰻魚即醬汁燒烤鰻魚，是著名的江戶前料理之一 。在串好的魚肉表面刷醬蘸醬，在火上慢慢烤透即可 。
日本米其林三星廚師神田裕行則認為應先烤出魚體內的水和脂肪，等到表面烤成焦黃以后，再蘸一層調味汁，讓其與魚肉充分融合，與蛋白質發生同化 。
料理神人小山裕久也曾提到說，如果想要徹底入味，只涂抹一次醬汁是不行，但在多次涂抹醬汁反復燒烤的同時要避免把魚肉烤成老魚干，當然也不能為了保持魚肉軟乎乎而烤得魚皮水當當 。
與蒲燒不同，白燒過程中不添加醬汁或調味料，也叫素燒，更能體現食材的本真 。吃過野生鰻魚的白燒料理后，味蕾大概才能分辨出頂級鰻魚的品質和精良燒烤手法，而不會把鰻魚的美味都歸功在醬汁和山椒粉上 。
選擇白燒還是蒲燒？這與下文將要講到的鰻魚吃法相關 。
醬汁
醬汁日文里叫タレ，主要配料有醬油、砂糖、米淋（みりん，親子蓋飯等日料常用調味）、酒等 。
醬汁是一家鰻魚料理店的味道之源，每家配方會有不同 。在日本，歷史悠久的鰻魚料理店，其醬汁每日補充，但從不曾全部丟棄，可以自豪的聲稱自己的醬汁有幾十年歷史，可謂是店主用生命也要守護的財富 。
タレ不僅能絕妙地掩蓋魚腥味，同時十分下飯，所以醬汁都是烤鰻魚前澆一遍魚，蓋在飯上再澆一層使飯的上層入味 。好的鰻魚飯，是不容許有一丁點的腥味的 。
真正的蒲燒鰻魚在烤制過程中要多次添加醬汁，以及少量的醋 。醋可以產生些許酸味，能與醬油的甜味有機融合 。
調味
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