1615年，一詭詐的教士集團(tuán)和教會(huì)中許多與伽利略敵對(duì)的人聯(lián)合攻擊伽利略為哥白尼學(xué)說辯護(hù)的論點(diǎn)，控告他違反基督教義 。他聞?dòng)嵑?，于是年冬第三次去羅馬，力圖挽回自己的聲譽(yù)，企求教廷不因自己保持哥白尼觀點(diǎn)而受到懲處，也不公開壓制他宣傳哥白尼學(xué)說，教廷默認(rèn)了前一要求，但拒絕了后者 。教皇保羅五世在1616年下達(dá)了著名的“1616年禁令”，禁止他以口頭的或文字的形式保持、傳授或捍衛(wèi)日心說 。
1624年，他第四次去羅馬，希望故友新任教皇烏爾邦八世能夠同情并理解他的意愿，以維護(hù)新興科學(xué)的生機(jī) 。他先后謁見6次，力圖說明日心說可以與基督教教義相協(xié)調(diào)，說“圣經(jīng)是教人如何進(jìn)天國，而不是教人知道天體是如何運(yùn)轉(zhuǎn)的”;并且試圖以此說服一些大主教，但毫無效果 。烏爾邦八世堅(jiān)持“1616年禁令”不變;只允許他寫一部同時(shí)介紹日心說和地心說的書，但對(duì)兩種學(xué)說的態(tài)度不得有所偏倚，而且都要寫成數(shù)學(xué)假設(shè)性的 。在這辛勤奔波的一年里，他研制成了一臺(tái)顯微鏡，“可將蒼蠅放大成母雞一般” 。
此后6年間，他撰寫了《關(guān)于托勒密和哥白尼兩大世界體系對(duì)話》一書.1630年他第5次到羅馬，取得了此書的“出版許可證” 。此書終于在1632年出版了 。此書在表面上保持中立，但實(shí)際上卻為哥白尼體系辯護(hù)，并多處對(duì)教皇和主教隱含嘲諷，遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出了僅以數(shù)學(xué)假設(shè)進(jìn)行討論的范圍 。全書筆調(diào)詼諧，在意大利文學(xué)史上列為文學(xué)名著 。
教廷迫害和晚年生活
《對(duì)話》出版后6個(gè)月，羅馬教廷便勒令停止出售，認(rèn)為作者公然違背“1616年禁令”，問題嚴(yán)重，亟待審查 。原來有人在教皇烏爾邦八世面前挑撥說伽利略在《對(duì)話》中，借頭腦簡單、思想守舊的辛普利邱之口以教皇慣用辭句，發(fā)表了一些可笑的錯(cuò)誤言論，使他大為震怒 。曾支持他當(dāng)上教皇的集團(tuán)激烈地主張要嚴(yán)懲伽利略，而神圣羅馬帝國和西班牙王國認(rèn)為如縱容伽利略會(huì)對(duì)各國國內(nèi)的異端思想產(chǎn)生重大影響，提出聯(lián)合警告 。在這些內(nèi)外壓力和挑撥下，教皇便不顧舊交，于這年秋發(fā)出要伽利略到羅馬宗教裁判所受審的指令 。
年近七旬而又體弱多病的伽利略被迫在寒冬季節(jié)抱病前往羅馬，在嚴(yán)刑威脅下被審訊了三次，根本不容審辯 。幾經(jīng)折磨，終于在1633年6月22日在圣瑪麗亞修女院的大廳上由10名樞機(jī)主教聯(lián)席宣判，主要罪名是違背“1616年禁令”和圣經(jīng)教義 。伽利略被迫跪在冰冷的石板地上，在教廷已寫好的“悔過書”上簽字 。主審官宣布：判處伽利略終身監(jiān)禁;《對(duì)話》必須焚絕，并且禁止出版或重印他的其他著作 。此判決書立即通報(bào)整個(gè)天主教世界，凡是設(shè)有大學(xué)的城市均須聚眾宣讀，借此以一儆百 。
伽利略既是勤奮的科學(xué)家，又是虔誠的天主教徒，深信科學(xué)家的任務(wù)是探索自然規(guī)律，而教會(huì)的職能是管理人們的靈魂，不應(yīng)互相侵犯 。所以他受審之前不想逃脫，受審之時(shí)也不公開反抗，而是始終服從教廷的處置 。他認(rèn)為教廷在神學(xué)范圍之外行使權(quán)力極不明智，但只能私下有所不滿 。顯然，G.布魯諾的被處火刑和T.康帕內(nèi)拉的被長期打入死牢，這兩位意大利杰出的哲學(xué)家的遭遇，給他精神上投下了可怕的陰影 。
宗教裁判所的判決隨后又改為在家軟禁，指定由他的學(xué)生和故友A.皮柯羅米尼大主教在錫耶納的私宅中看管他，規(guī)定禁止會(huì)客，每天書寫材料均需上繳等 。在皮柯羅米尼的精心護(hù)理和鼓勵(lì)下，伽利略重行振作起來，接受皮柯羅米尼的建議繼續(xù)研究無爭議的物理學(xué)問題 。于是他仍用《對(duì)話》中的三個(gè)對(duì)話人物，以對(duì)話體裁，和較樸素的文筆，將他最成熟的科學(xué)思想和研究成果撰寫成《關(guān)于兩門新科學(xué)的對(duì)話與數(shù)學(xué)證明對(duì)話集》 。兩門新科學(xué)是指材料力學(xué)(見彈性力學(xué))和動(dòng)力學(xué) 。這部書稿1636年就已完成，由于教會(huì)禁止出版他的任何著作，他只好托一位威尼斯友人秘密攜出國境，1638年在荷蘭萊頓出版 。
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