1、法律規定不同：國食健字依據的是2005年國家食品藥品監督管理局頒布的《保健食品注冊管理辦法（試行）》中第33條規定 。國食健注依據的是2016年國家食品藥品監督管理局頒布的《保健食品注冊與備案管理辦法》中的第43條規定 。
2、適用產品不同：國食健字適用于2005-2016年注冊的保健品 。國食健注是2016后注冊的保健品 。
【國食健注與國食健字有啥區別】3、格式不同：國食健字格式為國食健字G+4位年代號+4位順序號，和國食健字J+4位年代號+4位順序號 。國食健注格式為國食健注G+4位年代號+4位順序號 。
國食健字申報周期：
國食健字的注冊周期是指從企業法人提出注冊申請、提交申報資料開始到取得保健食品批準證書的時間 。申請人進行產品研制、樣品試驗和申報資料的編寫的時間不包括在注冊時間內 。申報資料的審核受理時限為5個工作日，試驗和試制現場核查時限為15個工作日，技術審評和行政審查時限為80個工作日 。
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