破壞腸道細菌(消化系統)的生態平衡抗生素能夠治病是通過它殺死或抑制細菌的生長來達成的，但它對細菌的殺滅作用是沒有選擇性的，也就是不管是有益還是有害的細菌它同樣殺滅，這就造成用藥的同時把很多對豬消化吸收有幫助的細菌如雙歧桿菌、乳酸桿菌等也消滅了 。豬體從采食飼料中得到的營養如氨基酸、鈣、磷、糖等等是由腸道吸收的，其中小腸是直接吸收器官，大腸則是通過對食物酵解(發酵)來完成對養分的吸收，同時制造了部分體內所需要的營養如維生素，這個過程必須有（前面說到的有益菌）參與才能順利完成，否則就會出現消化吸收不良而誘發腸胃病、生長發育不良等癥狀 。
形成藥物依賴或耐藥性由于長期濫用藥物，導致豬體內有益細菌得不到繁殖，腸道生態處于一種不平衡狀態，一旦有害細菌如大腸桿菌，沙門氏菌等適應了藥物(產生耐藥性)，遇到環境變化(應激)或停藥，此時有害細菌就會大量繁殖而導致發病，這時候采用藥物治療效果就會大大降低，甚至完全失效 。
【濫用抗生素的危害 濫用抗生素的危害有哪些】過量用藥會導致內分泌失調實踐證明長期大量使用抗生素，會導致動物體內酶系統分泌能力下降，從而直接影響食物的消化、吸收、轉化效率 。
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