對于胡惟庸的所作所為，朱元璋也略有察覺，對他的擅權更是感到不滿 。洪武十二年九月，又有阻隔占城貢使一事發生，胡惟庸等人未及時引見占城貢使 ， 又與禮部互相推卸責任，朱元璋一怒之下，將他們盡行囚禁，不難看出，此時胡惟庸已經受到朱元璋的嚴重猜忌 。就在這年十二月，又查出汪廣洋被賜死時 ， 有個從死的妾陳氏，竟是獲罪后妻女并皆入官的陳知縣的女兒 。朱元璋得知后，更為震怒，說道：“沒官婦女只給功臣家，文臣何以得給?”敕令法司要徹底追查此事，因此從胡惟庸以至六部堂屬各官都難辭其咎、負有罪責 。此時胡惟庸的地位已岌岌可危了 。
在胡惟庸已明顯失寵的情況下，大概是揣度到朱元璋的心理 ， 洪武十三年正月，御史中丞涂節首先告胡惟庸謀反 。與此同時，被謫為中書省屬吏的御史中丞商暠，也揭發了胡惟庸的許多隱私 。朱元璋接到告變后，立即命廷臣進行審訊，隨即就把胡惟庸處死了 。告變人涂節 ， 也因朝臣參劾說他本來準備參加謀反，因事不成才告變，連同胡惟庸和另一主犯，曾與汪廣洋一同參劾李善長的御史大夫陳寧 ， 同時被殺 。
洪武十三年，胡惟庸被處死后，胡惟庸案遠沒有結束，對于胡惟庸的罪狀一直都在搜集查證 。洪武十八年(1385)，有人告發李存義和他的兒子李佑，不僅是胡惟庸的至親，還曾經伙同胡惟庸謀逆 。胡惟庸雖已被誅，李存義也必須連坐 。這可是禍從天降 ， 并且為禍不輕，李家揣揣不安 。但是朱元璋對此事并未嚴懲，還特別下詔 ， 李存義與李佑都免于死罪 ， 只是被貶到崇明島閑住 ?？赡苁且驗槔钌崎L為功臣元老，朱元璋念及舊情，因而特地從輕發落 。按理李善長受到如此殊遇 ， 應該上書謝恩，但是李善長對此事全然不予理會，這種態度令朱元璋感到非常不快 。
胡惟庸案的查證一直都在繼續著，并且有了新的進展 。洪武十九年(1386)明州衛指揮林賢通倭事發，經審訊得知，他是奉胡惟庸的命令下海通倭的，胡惟庸謀反案有了進一步的證明 。洪武二十三年(1390)，又捉拿到奸人封績 。封績本是元朝的舊臣，后來歸降于明，據說他經常往來于蒙、漢之間，曾經為胡惟庸給元嗣君送過信，胡惟庸在信中稱臣，并請元嗣君出兵為外應 。其實早在洪武二十一年(1388)，大將軍藍玉出塞時，在捕魚兒海地方就捕獲過封績，但是由于李善長施加影響，并未上奏，就把封績給放了 。直到這次 ， 由于封績再次被捕入獄，李善長終于也被牽連進來了 。
恰在此時，李善長為了娛老 ， 大興土木，因缺少工人，向信國公湯和借用衛卒三百名 ， 以供營建 。以營卒為工役，這種事情本是常事 。但湯和膽小怕事，又不敢得罪李善長 ， 因而表面應允，暗中卻向朱元璋報告，這無疑是說李善長私自集結兵力 。湊巧，京中吏民為黨獄誅累 ， 坐罪徙邊，約有數百人 ， 中間有一個叫丁斌的，為李善長私親，李善長便替他求免 。由于朱元璋對李善長的猜忌之心日重，他不但沒有答應李善長的請求 ， 反而命令將丁斌拿獲 。經審訊得知，丁斌偏巧曾經供事胡惟庸家，于是供出不少李、胡兩家的往來之事 。這樣，便認定了李存義、李佑父子伙同謀叛的罪狀，立即將他們從崇明島拘捕進京，重新審理定罪 。
接著，朱元璋便頒布嚴敕說，李善長以“元勛國戚，知逆謀不舉，狐疑觀望懷兩端，大逆不道” 。真是欲加之罪何患無辭!于是，七十七歲的李善長被賜死，其妻、女、弟、侄等一門七十馀人被殺 。只有李善長的長子李祺及兩個兒子，因為臨安公主的緣故，得以免死 ， 流徙江浦 。
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