淮軍在上海站穩腳跟后，隨即又奉命進兵蘇南 。劉銘傳與潘鼎新、張樹珊等人率三千余淮軍由水路直撲福山，并在由外國雇傭軍組成的洋槍隊的援助下成功奪下福山 。劉銘傳因功升任總兵補用 。隨后，劉銘傳又率部同其他淮軍一起連占太倉、昆山、江陰等城池 。劉銘傳又升任記名提督 。十二月，劉銘傳率部向無錫城的太平軍發動總攻，經過一天的激烈巷戰，劉銘傳俘虜太平軍守將黃子隆、黃德懋父子以及兩萬多太平軍，而劉銘傳因功被清廷"加恩賞頭品頂戴" 。
【劉銘傳原是殺人犯 嘯聚山林 后逆襲成為民族英雄 他是如何一步步地走向了人生的頂峰？】清同治二年，劉銘傳奉命率部參加合圍常州的戰役，由于常州城內的太平軍頑強抵抗，寸土必爭，劉銘傳等淮軍數次進攻均被打退，傷亡慘重 。經過四個多月激戰，淮軍才攻下常州這座孤城 。而劉銘傳因功被"賞穿黃馬褂" 。實際上，自從攻下常州、蘇州以后，淮軍的實力已經大為擴展，劉銘傳下轄有左、中、右三軍;每軍六營;共十八營;另有獨立炮兵一營;加上親兵營及幕僚人員等人員，劉銘傳帳下有九千多人，洋槍四千多支 。這使得劉銘傳部成為淮軍中的絕對主力 。
清同治三年七月，劉銘傳奉令追擊太平天國洪秀全之子洪天貴福，劉銘傳部一路攻陷湖州、打下廣德，擊斃太平軍的堵王黃文金 。劉銘傳因功被清廷授予"補授直隸提督"的職務 。至此，年僅28歲的劉銘傳一步步地登上了清朝軍隊的最高軍階，成為當時淮軍將領中軍職最高的人 。清同治四年，曾國藩督師圍剿捻軍，劉銘傳奉令率軍由廣德北上匯合 。十一月，劉銘傳部在宏濟橋與捻軍遭遇，劉銘傳軍憑借其強大的洋槍、洋炮火力，殺傷捻軍甚眾，于次年三月攻下黃陂縣城 。
清同治五年九月，捻軍沖破曾國藩的沙河防線，進軍河南中牟等地區并分為東、西捻軍 。曾國藩河防戰略失敗，引咎辭職，清廷令李鴻章接任 。李鴻章命令劉銘傳負責追剿東部捻軍，此戰歷時三年，最后劉銘傳在揚州地區將東捻軍擊敗 。而后劉銘傳又向李鴻章獻計，將西捻軍引到黃河、運河之間的狹長地帶，最終又全殲西捻軍 。劉銘傳因功而晉升為一等男爵 。
慷慨激昂的戰斗歲月雖然充滿豪情，但也備嘗艱辛，這在他的詩文中隨處可見 。"盜賊縱橫敢宴安，征途驅馬路漫漫 。渡淮更覺風塵苦，放眼深愁世事難 。"、"軍中夜夜枕戈眠，寢食難安亦自憐 。"、"冒暑赴濠梁，行艱路覺長 。馳驅勞仆馬，塵土滿衣裳 。"
戰斗生活往往是十分勞苦的，常常要頂風冒雪，曉行夜宿，而艱苦的軍旅生活也對劉銘傳的精神造成了巨大的創傷 。劉銘傳曾作詩："風塵勞苦無休息，憔悴形容羞自看 。"、"年當半甲子，壯志漸消磨 。"、"折磨消壯志，憔悴剩微軀 。"這段艱辛的軍旅生涯無疑在劉銘傳的內心深處留下了深深的印記 。同時，有戰爭就會有傷亡，知心朋友的罹難時時棰打著劉銘傳的身心，令他心痛不已 。"回首戰場都是淚，知心朋輩幾人全 。"這樣的哀悼、感傷詩文數不勝數 。
最令劉銘傳痛苦與困惑的是他所取得的軍功能夠夸耀于人前嗎?他的所謂功業都是由殺人取得的，這并不使他感到光彩與榮耀 。想當初為了活命，他也辦過團練，也常與官府發生沖突，只是后來因緣際會，他被官府收編，才走上了另一條道路 。憑借昔日與自己同樣落魄的百姓的鮮血染紅官帽畢竟不是一件得意的事，這使得他有一種難以言說的羞愧之情與負罪感 。
平定捻軍歸來后，劉銘傳就認為"鄙戰功微不足道，當時文牘，一以火之，而深嘆古賢王命將之義 。"意思是"我劉銘傳的些許戰功根本就是微不足道的功績，只有那些為民請命、功在社稷、利在百姓的圣賢名將才是令人心儀的英雄啊 。"只可惜，戎馬半生的劉銘傳在當時已經無可選擇了，他注定只能繼續領軍征戰 。
