其三，開袋過早 。當菌絲滿袋后，應再培養1周，不要急于開袋出耳，否則因開口時間長不形成耳基雜菌會乘機侵入，在開口處出現棉絮狀物，1-3天后成霉斑，迅速蔓延至全袋，造成減產 。此階段主要是木霉、青霉感染 。預防措施：菌絲發滿袋后，在有光照的環境中，繼續培養10-15天，誘導出現膠質耳基后，方能開口擺袋出耳 。
其四，高溫高濕及水分管理不當 。高溫高濕是污染的主要因素 。在高溫下，黑木耳菌絲生長受阻，菌絲發黃，吐黃水，自溶，并引起子實體霉爛或發生流耳 。因此，應盡量避開高溫季節開袋出耳 。若遇短期高溫，應加強通風 。管理中，應掌握干干濕濕的水分管理方法來防止流耳的發生 。另外管理不當也是導致霉菌發生的主要因素，某些種植者為增濕，不斷向袋上灑水，結果出耳芽的口子經常積水，造成霉菌滋生，已出耳芽的因含水量長期處于飽和狀態，致使耳片腐爛 。預防措施：開口擺袋后至耳芽未長大前以保濕為主，只向地面噴水，勿往袋上淋水 。當耳芽封住開口后，可少噴、勤噴，以保持耳片濕潤為度 。耳片開大后，可向耳片噴霧狀水保濕 。若開口處已出現霉菌，用刀挖除霉斑，再用石灰粉覆蓋，可控制霉菌擴散 。
(2)流耳的預防栽培黑木耳，防止流耳是增產增收的關鍵措施之一 。特別是夏季，由于高溫高濕流耳現象尤其突出，若防治不及時，會造成大面積減產和黑木耳質量下降 。預防措施是：第一，適時采收 。采收不及時是流耳產生的原因之一 。耳片成熟后，生理活性下降，若遇高溫高濕，極易感染雜菌，發生腐爛性流耳 。第二，清除耳根 。采收時留在菌袋上的耳根必須清除干凈，采收后殘留的耳根不會發芽生長，遇高溫高濕反而會感染雜菌產生流耳 。因此，菌袋上勿使耳根殘留 。第三，合理噴水 。在氣溫高時，應在早晨和夜晚進行噴水，不能在氣溫高的中午澆噴，并且應以保持出耳場地的空氣濕度為主，菌袋上少噴，嚴防耳片積水太多，引起流耳 。第四，控制溫濕度 。高溫高濕和通風不良會滋生雜菌，并快速繁殖，這也是產生流耳的主要原因 。因此，溫度應控制在25℃以下，濕度控制在85%左右 。
(3)黑木耳的蟲害防治在黑木耳代料栽培中，主要有癭蚊、蚤蠅、果蠅、夜蛾、螨、跳蟲、線蟲等危害菌絲體和子實體 。如黃足蕈蚊的幼蟲蛀食耳片，造成耳片潰爛，有時也蛀食菌絲 。對各種蟲害的防治主要以預防為主 。當栽培場地有了蟲害，宜采用高效、低毒、無殘留的殺蟲劑進行防治 。可用除蟲菊酯、敵百蟲等，其用藥量應嚴格控制 。也可利用某些害蟲有趨光性、趨腐性的特點進行誘殺，可達到更好的效果 。
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