【雜交水稻弊端】最大的弊端是雜交稻的親本中用到雄性不育系，有潛在的不育危險 。如果遇到不良天氣，一個雜交水稻品種群體中很多植株表現不育，大幅度減產 ， 給種植者帶來嚴重損失 。并且優勢只能保持一代；育性可能低 。南方的中、晚稻甚至粳稻的品質問題也比較大 。就全國而言，稻米品質在南、北方都不同程度存在一些問題 。
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